2018年8月– date –
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R で NNH Number Needed to Harm を計算する方法
有害必要数（Number Needed to Harm, NNH）は、1人の有害事象が起こる人が出現するのに、何かの影響を受けた人が何人必要かという数。 NNHを計算するにはどうやるか？ 使えるシチュエーションは、 曝露Aを受ける人受けない人 処置Bを受ける人受けない人 介... -
R で罹患率比を求める方法
罹患率比の計算は、どうやるのか？ R での計算の方法。 罹患・罹患率・罹患率比とは？ 罹患（りかん）とは？ 罹患とは病気にかかること。 病気にかかったことは、診断によってわかる場合と、発症によってわかる場合がある。 診断とは、外来の診察で下され... -
相関と回帰の違いは何か？
相関と回帰はどう違うか？ 両方とも2つのデータの関係性を見ているわけで、とても似ている。相関と回帰の違いについて、まとめてみる。 相関と回帰の根本的な違いは？ 相関は、相関係数が中心で、 データXとデータYの お互いの関係性を見る。 相関分析には... -
R でロジスティック回帰分析の変数選択の参考になる計算上ベストな変数セットを提案してくれる方法
Rを使って、 多重ロジスティック回帰分析でBICを使って、 簡単に変数選択ができる。 変数選択の関数の前に BIC とは BICは、 Bayesian Information Criterionの頭文字語。 統計モデルへのあてはまりを検討するときに、 変数が多すぎると評価が下がる規準に... -
R で重回帰分析の変数選択に参考となる計算上ベストな変数セットを提案してくれる方法
R で重回帰分析を行った際の変数選択の方法の解説。 bestglmの準備とサンプルデータ R の bestglm() 関数は、AIC, BIC(デフォルト), BICqなどの Information Criterion 情報規準を使って ベストの変数の組み合わせを見つけてくれる。 bestglmパッケージのz... -
R で箱ひげ図を書く方法
R で箱ひげ図を描くにはどうしたらいいか？ R で箱ひげ図を書く関数 R で箱ひげ図を書く関数は、boxplot() 第 1 四分位から第 3 四分位までの箱を描き、その中にある中央値に線を引く。 第 1 四分位と第 3 四分位の差（四分位範囲）の 1.5 倍の線（ひげ）... -
R でログランク検定に必要なサンプルサイズを計算する方法
ログランク検定のサンプルサイズ計算を R で行う方法 ログランク検定はどうやるか？ ログランク検定は、時間経過とともにイベントが起きていくデータの群間比較をする方法。 患者さんの死亡をイベントとしたデータ、病気が再発することをイベントとしたデ... -
R で級内相関係数 ICC(2,1) を計算する方法と必要なサンプルサイズを計算する方法
級内相関係数 ICC Case2 の計算とサンプルサイズ計算を R でやってみた 級内相関係数 ICC(2,1) の計算例 級内相関係数 Intra-class Correlation Coefficient Case2 ICC Case2 は検者間信頼性の指標。 患者さんを数名の検査者（または評価者）で検査（また... -
R で級内相関係数 ICC(1,1) に必要なサンプルサイズを計算する方法
ICC(1,1) の計算とサンプルサイズ計算を R で行う方法 級内相関係数 ICC(1,1) の計算 級内相関係数（ICC）は、信頼性指標に使える。 ICC Case1は、一人の検査をする人（検者、けんじゃ）の一貫性を確認する指標だ。 ICC(1,1)は、一人の検者がk回測定を行っ... -
R でトレンド検定に必要なサンプルサイズを計算する方法
トレンド検定のサンプルサイズ計算。 トレンド検定とは トレンドとは、順序カテゴリの小さいほうから大きいほうに移るにつれて、カテゴリの平均値や割合が大きくなるとか小さくなるとか、傾向や相関があることを指す。 トレンドがなく同じというのが帰無仮... -
R でダネット検定に必要なサンプル数を計算する方法
ダネット検定のサンプルサイズ計算を R で行う方法 ダネット検定サンプルサイズ計算スクリプトの前提 ダネット検定とは、コントロール群、統制群、非処理群などと呼ばれる比較対照グループと、複数用量の治療群、処理群を比較する検定である。 サンプルサ... -
R で 共分散分析において 3 群以上のカテゴリの多重比較をする方法
三群以上の平均値を多重比較したい。 でも各群の背景因子がそろっていない。 背景因子を調整しながら三群以上の平均値を多重比較するにはどうすればいいか？ R でのやり方を解説する。 共変量を調整して多重比較する方法 群ごとの背景因子は、群分け変数と... -
R でノンパラメトリック検定の多重比較を実行する方法
ノンパラメトリックの多重比較をRで実施する方法。 ノンパラメトリックとは何か？ ノンパラメトリックとはパラメトリックではないという意味。 パラメトリックとは、パラメーターを使うという意味だ。 パラメーターとは、日本語では母数（ぼすう）と言われ... -
R でフィッシャーの正確確率検定・カイ二乗検定 で 3 群以上の比較を実行する方法
フィッシャーの正確確率検定、カイ二乗検定の3群以上の比較をRで実施する方法の解説。 カイ二乗検定の3群以上の比較 三群以上の割合の比較はどうやればいいのか？ Bonferroni型のp値調整を使う方法がある。 Rで行う場合、pairwise.prop.test()という関数を... -
R でボンフェローニを実行する方法
検証試験において、三群以上の平均値を比較したいときに、単純に二群比較を繰り返すと有意水準が甘くなる。 有意水準の調整によって簡単に処理する方法がボンフェローニ （Bonferroni）の方法とその進化版だ。 Rでボンフェローニ型のP値調整で多重比較を行... -
R でチューキー検定を行う方法
Tukey HSD検定をRで行う方法の解説。 Tukey HSD検定をRで行う方法 aov()とTukeyHSD()という二つの関数を使う。 ダネット検定のときと同じように、例としてwarpbreaksというデータを使う。 ダネット検定は以下を参照。 機織りにおいて、tension（緊張、張り... -
R でダネット検定を行う方法
ダネット検定は、比較対照群といくつかの実験群を多重比較する方法。 Rでダネット検定をするにはどうしたらよいか？ Rでダネット検定をするには？ まずmultcompパッケージをインストール。 インストールは一回だけでOK。 install.packages("multcomp") 次... -
R でクロスオーバー試験に必要なサンプルサイズを計算する方法
クロスオーバー試験のサンプルサイズ計算を R で行う方法 クロスオーバー試験とは クロスオーバー試験とは、二群どちらにも二つの介入を受けてもらう試験。 従来の薬と新薬とか、方法Aと方法Bとか、二つの方法を順番を変えて受けてもらう。 利点は、小さい... -
R で非劣性の生存時間解析に必要なサンプルサイズを計算する方法
非劣性試験のサンプルサイズ計算 生存時間データの場合 非劣性試験のサンプルサイズ計算 生存時間データの場合 例 1 各記号の意味は以下のとおり。 t：観察期間。 S1とS0：それぞれ治療群とコントロール群の生存率。 dF：Freedmanの方法による各群必要な死... -
R と EZR で平均値の非劣性検定に必要なサンプルサイズを計算する方法
非劣性試験のエンドポイントが連続量で、各群の平均値を求める場合、サンプルサイズはどのように計算するか？ RとEZRで行う方法。 非劣性試験における非劣性検定とは？ 劣っていないことを積極的に証明する検定。 臨床的に意味のある差を設定して、それよ... -
R と EZR で割合の非劣性検定に必要なサンプルサイズを計算する方法
非劣性検定は劣っていないことを証明する検定。 割合の非劣性検定のサンプルサイズ計算はどうやるか？ 割合の非劣性検定のサンプルサイズ計算 各変数の意味は、以下のとおりとする。 pA：試験薬の有効率とする。 pB：標準薬の有効率とする。 pB.bar：帰無... -
R と EZR で生存時間解析のサンプルサイズ計算を行う方法
生存時間解析のサンプルサイズ計算の方法 Cox の比例ハザードモデルを使う前提の計算 生存時間解析のサンプルサイズ計算 その 1 R でスクリプトを書いてみた。 S0がコントロール、S1が治療群、それぞれの生存率。 dが、両群合わせて合計の死亡者数。 sampl... -
R でヒストグラムを書く方法
R でヒストグラムを書く方法 超簡単なので、実行必須 連続データは必ずヒストグラムを見てみるべき R のヒストグラムの作り方 R でヒストグラムを描くには、hist() を使う ヒストグラムというのは、いくつかのカテゴリに区切って、データの分布をグラフで... -
R で複数のグラフを並べて書く方法
R でグラフを複数並べる方法の解説 R でグラフを複数並べる方法 layout() グラフを並べて描きたいと思うことは多い R の場合、layout() という関数を使う R でグラフを複数並べる方法 グラフを縦に2つ並べる layout(1:2) グラフを縦に 2 つ並べる場合は、l... -
R で相関係数を計算する方法
例えば、身長が高いと体重が重いとか、年齢が高いと血圧も高いとか、関係している二つの事柄は多い。 これを相関関係という。 R で、散布図、相関係数計算、相関係数検定をやってみた。 相関係数を求める前に散布図を書く方法 散布図は、相関関係があるか... -
R で割合を計算する方法
R でカテゴリデータを集計して、割合を計算する方法。 R で割合を計算する方法 カテゴリデータの集計の方法 もっとも使うのがtable()。 表(table)形式で集計する関数だ。 例としてMASSパッケージのbirthwtデータフレームを使う。 lowは低体重出生(1)か、そ... -
R で skewness や kurtosis を計算する方法
R で skewness や kurtosis を計算する方法。 平均と標準偏差 統計ソフトRで、平均値は、mean()で算出する。 標準偏差は、sd()で計算する。 sdはstandard deviationの略。 平均値と標準偏差の値の関係で、データの分布を大まかに推測できる。 平均値が標準... -
R の attach の使い方
R の attach とはどんな関数か？ データフレームとは？ R の中で、データフレームとは、データの一つの塊を言っている。 それも、変数名がついて、何列かのデータのことだ。 エクセルで言えば、A、B、Cと列が並んでいるところに、 Aには、年齢 Bには、性別... -
R のライブラリとは
R でlibrary() ライブラリ はよく使う関数だ。 ライブラリとは？ ライブラリの定義 ライブラリは、辞書の定義だと、 〔コンピュータ〕ライブラリー: プログラムやデータなどをひとまとまりに登録したファイル. 出典：Progressive English-Japanese Diction... -
R にパッケージをインストールする方法
Rは、最初からかなりいろいろなことができる無料統計ソフト。 もっとすごいのは、あとからパッケージをインストールして、さらにいろいろな解析ができるようになること。 R は追加パッケージをインストールする前からすごい！ まず、新しいパッケージをイ... -
R の引用情報を参考文献リストに載せたいときの書き方
R の引用情報を参考文献リストに載せたい。 どのように記載すればよいか？ R の引用情報の取得方法 コンソールで citation() と書いてエンター。 引用の際の情報が出てくる。 例： To cite R in publications use: R Core Team (2018). R: A language and ... -
多変量モデルの変数選択はどうすればいいのか？
多変量調整モデルの調整変数をどのように選ぶべきかは悩ましい。 統計ソフトにあるステップワイズ法は使っていいのか？ 統計ソフトによっては、ステップワイズ法が準備されている。 ステップワイズ法とは、ステップを踏んで最良のモデルを見極める方法。 ... -
R で説明変数が連続データの場合にロジスティック回帰分析で必要なサンプルサイズを計算する方法
独立変数が連続量のロジスティック回帰のサンプルサイズ計算の方法 ロジスティック回帰のサンプルサイズ計算スクリプト 連続データの場合 p0を平均値レベルでの発生確率とする。 p1を平均値＋1SD（標準偏差）レベルでの発生確率とする。 サンプルサイズ計... -
R でマッチドケースコントロール研究に必要なサンプルサイズを計算する方法
マッチドケースコントロール研究のサンプルサイズ計算の方法 マッチドケースコントロール研究とは？ 年齢、性別、など、病気に深くかかわっている因子だけど、研究対象にしたいわけでないとき、影響をなくしてしまいたい。 ケースとコントロールの重要な因...
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