R でブートストラップロジスティック回帰分析を行う方法

2022年3月9日2024年9月30日

ブートストラップとは、小さいサンプルを復元抽出で何度もサンプリングして、疑似的に何度も試行したことにして、その結果から推定値の直接的な95％の範囲を求めたりする方法。

ブートストラップを使ったロジスティック回帰分析の方法をご紹介。

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ブートストラップとは？

復元抽出とは、たまたま複数回同じデータがとられてもOKとする方法。

オリジナルのサンプルとサイズ（データの数）が同じサンプルをたくさん作る。

このほうが現実世界に近い。

こうすると、データの構成がばらつく。

オリジナルのデータから、似たようなサンプルをたくさん作って、小さいサイズのオリジナルデータでも信頼性高い、区間推定を行える方法だ。

ちなみに、ブートストラップは靴紐（ブーツのひもかな？）という意味で、アメリカのことわざで、湖に散歩に行って溺れた人が、自分の靴紐につかまって生還するというものがあり、そこから、困ったことがあっても自力で何とかするという意味だそうである。

そこから、小さいサイズのサンプルでも、そのサンプルだけで、自力で何とかするという意味で、ブートストラップ法という名前がついたのだとか。

新谷先生が、発明者のEfron先生から直々に聞いたとのことで、間違いないようだ。

24秒あたりから説明あり。

youtu.be

ググってみたところ、こんなブログ記事があった。

https://ameblo.jp/sexyrockingenglish/entry-10567716502.html

ブートストラップとは、ブーツのかかとについている、小さなループの部分のことを言っているみたい。

”ブートストラップ”というのは、ブーツのかかとの部分についている、小さなループの部分だ。　昔、１８世紀のドイツの貴族、ミュンヒハウゼン男爵が底なし沼に落ちたが、自分の履いていたブーツの小さなブートストラップを引っぱりあげて、自力で脱出したというところから、

“Pulling himself up by his own bootstraps.”　

は、”自分の力でなんとかする、小さな始まりから大きな成功をつかむ”という意味のことわざになった。（でもこれはただのお話で、本当の話ではないとされている。）

ブートストラップロジスティック回帰スクリプト

以下のWebサイトでブートストラップスクリプトを公開してくれていたので、こちらを参考にした。

Bootstrap with logistic regression | R-bloggers

まずlibrary(boot)で、boot パッケージを呼び出す。

Stop400が目的変数、Age, Sex, WBC45000の３つの変数を説明変数にしたロジスティック回帰を考える。

fit <- のところをご自分のモデルに置き換えればOK。

library(boot)
logit_test <- function (d,indices) {
d <- d[indices,]
fit <- glm(Stop400 ~ Age + Sex + WBC45000,
family=binomial(logit), data=d)
return(coef(fit))
}

dは使うデータセット名、indicesは、データの行で、一部を使うなら、その部分を指定することができる。

logit_test(d=Imatinib_Stop, indices=1:100)

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ブートストラップする

以下のスクリプトが実際にブートストラップするスクリプトだ。

dataでデータセットを、statisticで上記で設定したロジスティックモデルを指定する。

Rはブートストラップサンプリングの数で、1e4は $ 1 \times 10^4 = 10000 $ セットの意味である。

紹介してくれているWebサイトのオリジナルでは1e5で、10万セットになっていた。

boot_fit <- boot(
data = Imatinib_Stop,
statistic = logit_test,
R = 1e4
)
boot_fit

出力結果は以下のとおりである。

boot_fitの結果の、originalというところが、ブートストラップ前の単にロジスティック回帰分析をしたときのパラメータの推定値である。

biasは、originalとブートストラップ平均値との差を示している。

ブートストラップで得た 10,000 データの平均をとってみると、以下のようになる。

t1~t4の結果に相当する。

originalとの差をとると、biasの値に一致する。

つまりは、ブートストラップをすることで、いくらかのバイアスは生じるということである。

ブートストラップ95％信頼区間を出力する

1万回ブートストラップロジスティック回帰分析を行った結果から、偏回帰係数の95％信頼区間を出力してみる。

パラメータとしては、切片と、Age, Sex, WBC45000の3つの合計4つが得られる。

tとあるのがパラメータのブートストラップで得られた値で、切片、Age, Sex, WBC45000の順に1~4行目となっている。

Rは10000回のブートストラップを意味している。

boot.conf.int <- function(m, R){
dat0 <- data.frame()
dat1 <- data.frame()
for (i in 1:m){
ll <- sort(boot_fit$t[,i])[R*0.025]
ul <- sort(boot_fit$t[,i])[R*0.975]
name <- paste("t",i,sep="")
dat0 <- data.frame(name, ll, ul)
dat1 <- rbind(dat1, dat0)
}
print(dat1)
}
boot.conf.int(m=4, R=10000)