グラフ– category –

反復測定データの各時点の中央値及び最小値・最大値を示したエラーバーがついた折れ線グラフを書きたいという要望はよく聞くが、そのようなグラフを書けるソフトウェアはなかなか見つからない EZR と R で中央値に最小値・最大値エラーバー付きの折れ線グ...

制限付き 3 次スプライン曲線は、データの非線形関係をとらえるために書いてみるグラフのこと 二値のアウトカムの場合、R でどのように書くか紹介 制限付き 3 次スプライン曲線とは 制限付き 3 次スプライン曲線は、データの非線形関係をとらえるために用...

IPTW カプランマイヤー曲線において、任意の時点における Number at Risk を書き入れる方法 R で作成する方法 IPTW カプランマイヤー曲線 IPTW は、逆確率重み付けとも呼ばれ、ランダム割り付けしていない群間の交絡因子を調整する方法の一つ 詳しくはこち...

R で 生存時間データに対して、Penalized Spline（罰則付きスプライン）曲線を書く方法の解説 Penalized Spline とは Penalized Spline（罰則付きスプライン、P スプライン）は、データに合わせた滑らかな曲線を求めるために使われる方法の一つだが、過剰...

カウントデータの散布図に、ポアソン回帰の回帰直線と予測値の 95 ％ 信頼区間を書き入れたグラフの書き方 ポアソン回帰 まれな事象が起きることを表現したポアソン分布を示すカウントデータ（発生数の数を数えたデータ）を予測する回帰モデル こちらも参...

反復測定データの群ごと時点ごとの平均値を結んだ折れ線グラフを書く方法 反復測定データと平均値の折れ線グラフ 反復測定データとは、同じ対象者がある決まった時点で何回か測定したアウトカムデータのことである 例えば、今回のサンプルデータのように、...

サブグループ解析の結果をフォレストプロットで書く方法はいくつかあるが、ここでは、R スクリプト中心に書く方法を解説する EZR の機能を使う方法 R のスクリプトの方法の前に、EZR のメニューをいろいろ駆使して書く方法の記事をご紹介 EZR になれている...

IPTW で重み付けした競合リスク累積発生曲線を書く方法 IPTW 競合リスク累積発生率曲線の書き方の前に IPTW、競合リスク、累積発生曲線とは？ IPTW に関しては以下の過去記事を参照 競合リスクに関しては以下の過去記事を参照 累積発生率（累積イベント）...

反復測定データを用いて、時点ごとの中央値を計算した後、折れ線グラフを書く方法 中央値の折れ線グラフの前に 平均値の折れ線グラフ 中央値の折れ線グラフの前に、平均値の折れ線グラフを示す ここでは、平均値の折れ線グラフとは、以下のようなグラフを...

EZR で反復測定データの時点ごとの平均値を結んだ折れ線グラフを書く方法の解説。 EZR で平均値の折れ線グラフを書くデータの準備 まず、下記のようなデータを用意する。 一人一行で、列方向に反復測定データを並べたデータである。 EZR で平均値の折れ線...

Rでヒストグラムと箱ひげ図をggplot2 を使って重ねて描く方法の紹介。 Rでヒストグラムをggplot2 を使って描く方法 Rでヒストグラムをggplot2を使って描く方法を紹介する。 まずggplot2 パッケージをインストールして、呼び出しておく。 install.packages(...

EZR で箱ひげ図を書くにはどうしたらよいか？ 色分けするにはどうしたらよいか？ EZR で箱ひげ図を書く方法 データを読み込んだ後、グラフと表から箱ひげ図メニューを選択する。 変数のほうで連続データを指定し、群別する変数の枠で群を表すカテゴリカル...

正規性の確認は、検定は不要で、グラフで確認すればよい。 ヒストグラムが一番簡単な方法だが、もう一つグラフで確認する方法がある。 それがQQプロットだ。 QQプロットとは何か？ QQプロットの前に 正規性とは？ 統計解析の検定において正規性が条件であ...

EZRでグラフが出力されたときに、余白が狭くて軸の文字が見えないことがある。 余白を調整するにはどうしたらよいか？ EZRでグラフの余白調整が必要な例 もっとも典型的なグラフは、分散分析でTukeyのオプションを入れたときに出力されるグラフである。 左...

サブグループ解析の結果をフォレストプロットで書く方法。 ロジスティック回帰の場合で、EZR で行う方法。 Version 1.62（2023 年 11 月 1 日公開）から、EZR 本体に組み込まれたので、以下の方法を使う必要なし 具体的な方法はこちらの動画参照。 フォレ...

曲線のあてはめの一つ、B スプライン曲線を描く方法。 EZR のメニューを借りて実施する。 B スプライン曲線を描く方法の概要 概要は以下の通り。 EZRの標準メニューからモデルのあてはめでbs()関数を使ってモデルを求める。 モデルを当てはめたXとYを使っ...

ggplot2 というグラフをきれいに描画するパッケージを使って、エラーバー付きの平均値の折れ線グラフを描く方法を紹介する。 反復測定したエンドポイントの平均値と、SDとか95％信頼区間とかを描画する方法。 ggplot でエラーバー付き折れ線グラフを書く土...

EZRで ggplot2 を使って95%信頼区間と回帰式付き回帰直線を描く方法。 EZRで回帰直線に95%信頼区間を描きたい場合どうするか？ ggplot2 を使うと簡単・きれいに描ける。 ggplot で回帰直線を書く方法 ggplot2 とは？ ggplot2 とは、簡単にきれいなグラフが...

散布図内に相関係数と95%信頼区間を書き入れる方法 散布図を R の plot() で書く 以下のように Y 軸の変数をチルダ（ ~ ）の左側に書き、X 軸の変数を右側に書く。 plot(LogCD34perBW ~ WBC.entry, data=GCSF_CD34) すると、以下のように散布図が描かれる...

EZRで回帰直線のグラフに95%信頼区間を付ける方法 回帰直線を書くために EZRで線形回帰（単回帰）を実行する まずEZRで単回帰を実行する。 例えば、以下のような感じに R スクリプト窓に出力される。 #####線形回帰(単回帰、重回帰)##### library(aod, pos...

EZR の ROC 曲線グラフのX軸を 1 - 特異度にする方法。 EZRでROC曲線を描く方法 EZRでROC曲線を描く方法はとても簡単だ。 「統計解析」→「検査の正確度の評価」→「定量検査の診断への正確度の評価（ROC曲線）」を選択する。 結果変数（2値）と予測に用いる...

ロジスティック回帰の回帰診断の一つにROC曲線を活用する方法がある。 ロジスティック回帰モデルを多変量で行えば多変量ROC曲線となる。 モデルごとに算出されるROC曲線を比較するにはどのようにすればよいか？ ROC曲線とは？ まずROC曲線とは何か？ ROC曲...

平均値の折れ線グラフとは、経時的な測定によって得た測定値の平均値を線で結んだグラフを指している。 SPSS で書く方法の解説。 SPSS で平均値の折れ線グラフを書くデータ準備と解析準備 まず、一人一行で、反復測定を列方向に並べたデータを準備する。 ...

Cox 回帰で必要な、比例ハザード性を確認する方法の解説 比例ハザード性を二重対数プロットで確認する方法 EZRで比例ハザード性を確認する方法の一つ目として、グラフで確認する方法がある。 二重対数プロット（ Complementary log-log plot ）というもの...

EZRでカプランマイヤー曲線を書いた後に、横軸を調整する方法 EZRでカプランマイヤー曲線を描いているスクリプト部分を特定する EZRで生存期間解析、ログランク検定からカプランマイヤー曲線を描く。 EZRでカプランマイヤー曲線を描く方法は、以下の動画を...

EZRでグラフを描いたあと、一部文字を消したり、文字を加えたり、図形を加えたり、ちょっとした修正を行う方法 EZR のグラフを編集する方法 ― Mac の場合 Mac版のEZRでグラフを描いた場合、その後に修正するときは、どうしたらよいのか？ グラフはPDFの形...

EZRで散布図を書く方法を解説。 色分けや点の形を変えて、グループ別に描画する方法を解説する。 EZRで散布図を色分けしてグループ別に書く方法 EZRを起動して、データを読み込んだら、「グラフと表」から「散布図」を選択する。 ｘ軸の変数とｙ軸の変数を...

EZR のグラフの凡例を移動したり、軸の範囲を広げたりして、調整する方法 EZR でグラフを書く方法 総論 ヒストグラムや散布図など一般的なグラフは、「グラフと表」から選択する。 たいていのグラフはこのメニューから描ける。 カプランマイヤー曲線を描き...

EZR でヒストグラムを書いて、色を変える方法 EZR でヒストグラムをグループ別にカラーで描いてみる KTSND という連続データと SMK というカテゴリカルデータを用いて、ヒストグラムを書いてみる EZRのメニュー「グラフと表」から「ヒストグラム」を選択。...

がん患者さんの生存期間中央値を5年生存率から逆算で求めるにはどうしたらよいか？ R で計算する方法。 5 年生存率から逆算で生存期間中央値を求める計算式 生存確率は、一般論として指数関数で近似できる。 実際には、がんの治療後すぐになくなったり、数...

Rでカプランマイヤー曲線を書く方法の紹介。 survfit を使ったグループごとの曲線の書き方。 Rでカプランマイヤー曲線を書くためのサンプルデータ カプランマイヤー曲線を書くためのサンプルデータは、survival パッケージの lung を使う。 これは、North ...

グラフを描いた後、一部を塗りつぶしたいときがある。 そんなときにどうしたらいいか？ 標準正規分布の場合 確率分布の一部を塗りつぶしたい場合、以下のようにすれば可能。 # 前半 curve(dnorm(x), -4, 4, las=1, xlab="Z") arrows(0,0,0,dnorm(0),length...

R で箱ひげ図を描くにはどうしたらいいか？ R で箱ひげ図を書く関数 R で箱ひげ図を書く関数は、boxplot() 第 1 四分位から第 3 四分位までの箱を描き、その中にある中央値に線を引く。 第 1 四分位と第 3 四分位の差（四分位範囲）の 1.5 倍の線（ひげ）...

R でヒストグラムを書く方法 超簡単なので、実行必須 連続データは必ずヒストグラムを見てみるべき R のヒストグラムの作り方 R でヒストグラムを描くには、hist() を使う ヒストグラムというのは、いくつかのカテゴリに区切って、データの分布をグラフで...

R でグラフを複数並べる方法の解説 R でグラフを複数並べる方法 layout() グラフを並べて描きたいと思うことは多い R の場合、layout() という関数を使う R でグラフを複数並べる方法 グラフを縦に2つ並べる layout(1:2) グラフを縦に 2 つ並べる場合は、l...

カプランマイヤー曲線の書き方 R と EZR の方法。 カプランマイヤー曲線の書き方説明のためのサンプルデータ カプランマイヤー曲線を描きたい場合、イベント発生のデータとイベント発生までもしくは観察終了までの時間のデータが必要。 イベント発生データ...

統計ソフトRのグラフ上に数値を表示させたり、軸の目盛間隔や軸ラベルを変更する方法を紹介。 軸の数値をすべて縦にする las=1 軸ラベルのスタイル（the style of axis labels）。1は縦軸も横軸も縦方向の数字にする意味。 例： library(MASS) boxplot(bwt...

Begg検定、Egger検定、Macaskill検定という出版バイアスの検定方法の解説。 出版バイアス検定のための個々の研究データ 出版バイアスを検定するためのサンプルデータは以下の通り。 a <- c(3,7,5,102,28,4,98,60,25,138,64,45,9,57,25,65,17) n1 <- ...

ファンネルプロットとは何か？ 出版バイアスとは何か？ フォレストプロットとの違いは何か？ ファンネルプロットの前に出版バイアスとは？ 出版バイアスとは、公表されている論文に偏りがあることだ。 統計学的有意になった結果が公表されやすい。 また、...

メタアナリシスのフォレストプロットの書き方の解説 R の metafor パッケージを使う方法 統合値の計算 metaforパッケージを使う。 最初一回だけインストールする。 install.packages("metafor") 使用するデータは以下の通り。 a <- c(3,7,5,102,28,4,98...

R で二項分布のグラフを書いてみた 二項分布のグラフの前に 二項とは？ 二項とは、0か1か、YesかNoか、表か裏か、など二つに一つが選ばれること。 二項分布は、二項の場合の分布という意味である。 二項分布のグラフを書いてみる たとえば、10例で、確率5...

正規分布を R で書く方法の解説 正規分布を R で書く方法 curve()を使う。 dnormが、正規分布にしたがう確率分布を計算する。 横軸の範囲は-4から4としている。 3つの分布とも平均0とする。 R のスクリプトは以下の通り。 curve(dnorm(x,mean=0,sd=1.0), f...

R を使ったポアソン分布の書き方の解説 ポアソン分布とは？ ポアソン分布は、数学者ポアソンが発表した、離散確率分布。 離散とは、離れているということ。 0回、1回、2回、3回・・・が生じる確率だ。 ラムダλ が1の場合の 0 から 10 までの確率を計算して...

薬剤経済学は、薬剤の持つ効力を、経済で測って吟味する学問。 新薬につけた薬価が、本当にその薬価に見合った効果を発揮しているかを吟味し、政策に生かそうとする学問。 薬剤経済学の書籍にそって実践してみる ネタ元は、坂巻弘之 著　やさしく学ぶ薬剤...

ROC 曲線を R で書く方法をわかりやすく解説 ROC 曲線とは？ ROC曲線は、病気の診断のための検査を分析するために使われる。 真実の分類と、真実の分類を見分ける検査結果を使って、どのレベルより上だと病気とするか？を決める分析ツール。 胃がんや大腸...