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R でメタアナリシスのファンネルプロットを書く方法
ファンネルプロットとは何か? 出版バイアスとは何か? フォレストプロットとの違いは何か? ファンネルプロットの前に出版バイアスとは? 出版バイアスとは、公表されている論文に偏りがあることだ。 統計学的有意になった結果が公表されやすい。 また、... -
R でメタアナリシスのフォレストプロットを書く方法
メタアナリシスのフォレストプロットの書き方の解説 R の metafor パッケージを使う方法 統合値の計算 metaforパッケージを使う。 最初一回だけインストールする。 install.packages("metafor") 使用するデータは以下の通り。 a <- c(3,7,5,102,28,4,98... -
R で制限付き最尤推定量 REML でオッズ比を統合するメタアナリシス
オッズ比を制限付き最尤推定量 REML で統合する方法の解説。 R で実行する。 制限付き最尤推定量でオッズ比を統合する意味 オッズ比のメタアナリシスをするときに、対数を取るのは正規分布に近似した分布にしたいからだ。 漸近的正規近似と呼ぶ。 漸近的正... -
R で DerSimonian-Laird 法でオッズ比を統合するメタアナリシス
各研究で無視できない異質性がある場合でも、適切にメタアナリシスできる方法の解説。 メタアナリシスのデータ準備 使用するデータは以下の通り。 a <- c(3,7,5,102,28,4,98,60,25,138,64,45,9,57,25,65,17) n1 <- c(38,114,69,1533,355,59,945,632,... -
R でマンテル・ヘンツェルの方法でオッズ比を統合するメタアナリシス
オッズ比をマンテル・ヘンツェル(Mantel-Haenszel)の方法で統合する方法の解説。 マンテル・ヘンツェル法は、2x2の分割表を統合する方法で、層別解析の方法。 メタアナリシスに応用する方法。 マンテル・ヘンツェル法の準備 データは以下の通り。 a &... -
R で漸近分散法でオッズ比を統合するメタアナリシス
メタアナリシスのためにオッズ比を統合したい場合で、それぞれの研究のサンプルサイズが大きい場合、オッズ比の対数が漸近的に正規近似できる。 個々の研究のサンプルサイズが大きい場合は、漸近分散法を使う。 使用するデータの準備 データは以下の通り。... -
R で Peto の方法でオッズ比を統合するメタアナリシス
メタアナリシスは、いくつかの研究で算出された数値を、適切に統合する方法。 一つ一つの研究では、検出力が不足していたものが、統合することで検出力を増し、統計学的に判断がつくようになる。 メタアナリシスの結果は、エビデンスレベルが高いと評価さ... -
R で逆ガンマ分布のグラフを描く方法
逆ガンマ分布はどんな分布で、いつ使うのか? 逆ガンマ分布は、ベイズ統計学で、共役事前分布として登場する。 R で逆ガンマ分布のグラフを描く方法を紹介。 逆ガンマ分布はどのようなときに使うのか? 逆ガンマ分布は尤度計算のデータ母集団の確率分布が... -
R でガンマ分布のグラフを描く方法
ガンマ分布とはどんな分布か簡単に解説しながら、R でガンマ分布のグラフを描く方法を紹介 ガンマ分布とは? ガンマ分布は、ある期間ごとに1回起こることが、何回か起こるまでの時間の分布。 たまにしかおきない、まれにしかおきない、という感じがポアソ... -
R でベータ分布のグラフを描く方法
ベータ分布は、ベイズ統計学で二項分布の共役事前分布(きょうやくじぜんぶんぷ)として登場する分布。 ベータ分布の前に共役事前分布って何? ベータ分布は、二項分布の共役事前分布だ。 二項分布については、こちらを参照。 共役事前分布の共役(きょう...