EZR で ROC 曲線の群間比較をする方法

EZR で ROC 曲線を群間比較する方法

ROC 曲線を比較するためのサンプルデータ

R の pROC パッケージに含まれる aSAH データセットを使う

outcome データで s100b という検査値のカットオフ値を求める

gender で female と male の群間比較を行う

pROC パッケージを呼び出し、aSAH データセットの準備をする

実際に使うソフトウェアは EZR

pROC パッケージの呼び出しは library() を R スクリプト窓に書いて実行する

library(pROC)

パッケージに含まれるデータを読み込むメニューから aSAH データセットを呼び出す

こちらの outcome, gender, s100b を用いる

ROC 曲線を比較するために ROC 曲線分析を群別に行う

以下の ROC 曲線分析のメニューを選択する

結果に outcome を選択し、予測に用いる値として s100b を選択する

gender == ‘Female’ を設定して OK をクリック

女性グループの ROC 曲線が書かれる

そして、ここが重要だが、R スクリプト窓に以下のように書いて、ROC という解析結果オブジェクトに違う名前（ roc1 ）を付けておく

roc1 <- ROC

先ほどの黄色ハイライト部分を gender == ‘Male’ に変更して再度実行する

男性グループの ROC 曲線が書かれる

今度は、roc2 という名前を付けておく

roc2 <- ROC

最後に、R スクリプト窓に以下のように書いて実行する

roc.test(roc1, roc2)

そうすると以下のように 女性と男性の ROC 曲線が統計学的に異なるかどうかの検定をしてくれる

この結果では、統計学的有意に異なるとは言えないという結果であった

まとめ

ROC 曲線を EZR で群間比較する方法を解説した

群別に 2 回解析して、少しだけスクリプトを書かないといけないのがちょっとだけネックだが、可能ではある

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EZR公式マニュアル