R にパッケージをインストールする方法

Rは、最初からかなりいろいろなことができる無料統計ソフト。

もっとすごいのは、あとからパッケージをインストールして、さらにいろいろな解析ができるようになること。

R は追加パッケージをインストールする前からすごい！

まず、新しいパッケージをインストールしなくてもできる統計解析を挙げてみる。

• 平均
• 標準偏差
• 割合
• 相関係数
• 平均値の差の検定（ｔ検定）
• 割合の差の検定（χ[カイ]2乗検定)
• サンプルサイズ計算
• マクネマー検定
• コクラン・アーミテージ検定
• フィッシャーの正確検定（Fisher Exact Test）
• テューキー チューキーの多重比較検定
• ダネットの多重比較検定
• マン・ホイットニーのU検定
• ウィルコクソンの符号付順位和検定
• クラスカル・ウォリス検定
• 回帰分析
• 重回帰分析
• 分散分析
• 共分散分析
• ロジスティック回帰分析
• ログリニア回帰分析
• 主成分分析
• 因子分析
• k平均法
• 階層クラスタリング

などなどなど。。。

ほかには、パッケージを呼び出す必要があるけど、
改めてインストールする必要がないパッケージがある。
使うときにlibrary()を実行して呼び出す。
：の右側がパッケージの名前。

• カプラン・マイヤー曲線：survival
• コックスの比例ハザードモデル：survival
• 判別分析：MASS
• 負の二項分布回帰分析：MASS

R はパッケージをインストールするとさらにすごい！

次に、インストールが必要なパッケージ。

• マン・ホイットニーの正確検定ができるパッケージ：coin
• ノンパラメトリック検定のサンプルサイズ計算ができるパッケージ：samplesize
• クロンバックのアルファが計算できるパッケージ：psych
• 多重比較がもっと詳しくできるパッケージ：multcomp
• 疫学のツールパッケージ：epitools
• APCモデルとROCのパッケージ：Epi
• ROCのサンプルサイズ計算パッケージ：pROC
• メタアナリシスが簡単にできるパッケージ：metafor
• コレスポンデンス分析のパッケージ：ca
• k近傍法ができるパッケージ：class
• RidgeとLASSOができるパッケージ：glmnet
• PCRとPLSができるパッケージ：pls
• 決定木分析ができるパッケージ：rpart
• わかりやすい決定木を出力できるパッケージ：partykit
• バギングができるパッケージ：adabag
• ランダムフォレストができるパッケージ：randomForest
• サポートベクターマシーンができるパッケージ(尖度・歪度も計算できる)：e1071

これらは、R コンソールで install.packages(“パッケージ名”)と書いてエンターキーをたたくと、インストールできる。

例えば、以下のように半角英数で、install.packages(“coin”) と書いたら、エンターキーをヒットする。

そうすると、まず、どこからダウンロードするかの画面が出てくるので、Japanを探して選び、OKをクリックするとダウンロードが始まる。

2024 年 10 月現在、 Japan サーバーとしては、Japan (Yonezawa) が唯一選べるので、Japan (Yonezawa) を選ぶ。

以下のような結果出力がなされれば、インストール完了である。

R にパッケージをインストールする動画

実際のダウンロードの様子は動画参照。

統計ソフトRにパッケージをインストールしてみた！

まとめ

R は、最初からすごいソフトウェアだが、パッケージをインストールすることで、さらにいろいろな統計解析ができるようになる、本当にすごいソフトウェアだ。