EZR で書いたカプランマイヤー曲線の凡例を調整する方法

EZR のグラフの凡例を移動したり、軸の範囲を広げたりして、調整する方法

EZR でグラフを書く方法 総論

ヒストグラムや散布図など一般的なグラフは、「グラフと表」から選択する。

たいていのグラフはこのメニューから描ける。

カプランマイヤー曲線を描きたいときは、「統計解析」→「生存期間の解析」→「Logrank検定」のメニューから描く。

観察期間変数、イベント変数、群別変数を選択しOKをクリックすれば以下のようなグラフが描ける。

EZR のグラフを凡例を調整する方法

先ほどの図には、右上に「凡例（はんれい）」があるのだが、グラフと重なってしまっている。

この位置を調整するには、どうしたらよいか？

二つ方法がある。

１．凡例の場所を変える

凡例は今右上にあるが、これを左下にもっていくことができる。

Rスクリプトの一部を変更して、再実行すると変更できる。

変更前のRスクリプトは以下の通り。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE,
xlab="futime", ylab="Probability")
xticks <- axTicks(1)
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,],
line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("topright", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0,
title="agec")

legend()内の”topright”を”bottomleft”に変更して、再実行する。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE,
xlab="futime", ylab="Probability")
xticks <- axTicks(1)
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,],
line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("bottomleft", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0,
title="agec")

そうすると以下のように凡例が左下に描かれる。

これで重なりを回避できた。

２．Y軸を延長する

今回の例はY軸が生存率で1.0より高いのは適切ではないとは思うが、Y軸の最大値を大きくする方法でも重なりを回避できる。

plot()の中に、ylim=c(0, 1.5)と書き入れてみる。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE,
xlab="futime", ylab="Probability", ylim=c(0, 1.5))
xticks <- axTicks(1)
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,],
line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("topright", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0,
title="agec")

そうすると以下のように、Y軸方向にグラフが伸びて、凡例とグラフの線が重ならなくなった。

まとめ

EZR でグラフの凡例の位置を調整する方法を２つ紹介した。

一つは、legend()内の”topright”を”bottomleft”に変更する方法。

もう一つは、plot()内に、ylim=c()を加えて、Y軸を上に延ばす方法。

参考になれば。

おすすめ書籍

EZR 公式マニュアル