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反復測定データの各時点の中央値及び最小値・最大値を示したエラーバーがついた折れ線グラフを書きたいという要望はよく聞くが、そのようなグラフを書けるソフトウェアはなかなか見つからない EZR と R で中央値に最小値・最大値エラーバー付きの折れ線グ...

EZR で IPTW を作成したのち、IPTW 背景データのサマリー表を作成したい場合どうしたらよいか IPTW 背景データのサマリー表作成手順全体像 EZR で IPTW（逆確率重み）を作成したのち、IPTW 背景データの集計表を作成したい場合、どのようにしたらよいか 具...

日本語MacにEZRをインストールすると英語になってしまって困っている人へ 暫定結論 いったん R の完全アンインストール → 参考ブログ：https://dr-wolf.hatenablog.com/entry/2023/12/12/055302 R をインストール（R は最新版で問題なさそう） XQuartz 2.8...

傾向スコアマッチングの後に、バランス評価をするためのプロットを EZR で作成したいと考えた場合、どのようにするか 傾向スコアマッチングのバランス評価プロット 傾向スコアマッチングをした後に、マッチングのバランスを評価するプロットは、傾向スコア...

クロスオーバー試験は、一人の症例が複数の介入を受けることで、並行群間試験よりも効率よく行える試験 EZR でクロスオーバー試験データを解析する方法を紹介する クロスオーバー試験とは クロスオーバー試験とは、介入 A と介入 B の両方を同じ被験者で行...

EZR で IPTW（逆確率重み付け）カプランマイヤー曲線の生存期間中央値と 95 ％ 信頼区間を計算する方法を紹介する IPTW カプランマイヤー曲線とは何か？ IPTW（逆確率重み付け） カプランマイヤー曲線とは、傾向スコアの逆数を用いた IPTW で交絡因子を調...

EZR では、時間依存型 ROC 曲線の曲線下面積を求めることができる では、2 つの時間依存型 ROC 曲線の曲線下面積を比較することはできるだろうか？ 時間依存型 ROC 曲線とは 時間依存型 ROC 曲線とは、生存時間イベントデータを予測する連続データのカット...

SPSS で、一般線型モデルなどで求めることができる EM 平均（調整平均、調整推定平均、推定周辺平均など呼び方はいろいろあり）は、EZR ではどのように求めればよいか、emmeans パッケージを使って計算してみた 因子が二つで交互作用を考える場合 計算メニ...

EZR で Spearman の順位相関係数の 95％信頼区間を計算する方法 デフォルトでは計算できないが、パッケージをインストールすると計算できる EZR で Spearman の順位相関係数を計算する方法 統計解析 → ノンパラメトリック検定 → 相関係数の検定（Spearman ...

統計解析を実施して、結果を見て初めて、検出力やサンプルサイズの問題が意識されることは多い 手元にすでにあるデータから効果量を計算し、事後検出力、事後サンプルサイズ計算に進む流れを紹介する 事後に検出力やサンプルサイズ計算が必要になることは...

一人一行で反復測定データが入力されているときに、一人複数行のデータに変換したい場合、EZR ではどのようにするか？ 反復測定データの準備方法には二つの方法がある 一人複数回測定しているデータの場合、一人一行で入力している場合（例：測定1、測定2...

EZR で多重代入法を行いたい場合、どのようにしたらよいか EZR には、多重代入のメニューはないが、R スクリプト枠にスクリプトを書いていく方法で実行できる はじめに 欠損値（欠測値と同じ）があるデータセットにおいて、推定値にバイアスがかかると言わ...

IPTW ロジスティック回帰を EZR で行う方法 IPTW とは IPTW とは、日本語では逆確率重み付けと呼ばれる方法で、群間の交絡因子を調整する方法の一つ 詳しくは、こちらを参照のこと また、他の解析方法、例えば、IPTW Cox 回帰は、以下を参照のこと EZR で ...

ポアソン回帰を EZR で行う方法の解説 ポアソン回帰・ポアソン分布とは ポアソン回帰とは、まれにしか起こらない現象を数えたカウントデータを目的変数にした回帰分析のこと カウントデータがポアソン分布に従うと仮定している 平均 $ \lambda $ 回起こる...

多重代入法で欠測値を補完し、Fine-Gray 回帰 を実施する方法 サンプルデータ 競合リスクを含むイベント変数、時間変数、着目したい変数、交絡因子を以下のとおりとする 競合リスクを含むイベント変数：CompRisk 時間変数：DaysFPS 着目したい変数：PS34 ...

Mac で EZR を使い始めるときに、EZR プラグインを当てて起動する方法 Mac で EZR を起動するために EZR プラグインの適用 EZR のインストールが終了したあと、ツール → Rcmdr プラグインのロード を選択 RcmdrPlugin.EZR が選ばれていることを確認して OK...

EZR で反復測定データの時点ごとの平均値を結んだ折れ線グラフを書く方法の解説。 EZR で平均値の折れ線グラフを書くデータの準備 まず、下記のようなデータを用意する。 一人一行で、列方向に反復測定データを並べたデータである。 EZR で平均値の折れ線...

EZR で ROC 曲線を群間比較する方法 ROC 曲線を比較するためのサンプルデータ R の pROC パッケージに含まれる aSAH データセットを使う outcome データで s100b という検査値のカットオフ値を求める gender で female と male の群間比較を行う pROC パッ...

サンプルの連続データが正規分布していない場合に、平均値の 95 % 信頼区間を計算する方法 正規分布していない連続データが対数正規分布だった場合 正規分布していない連続データを対数変換すると正規分布に見える場合、その連続データは対数正規分布のデ...

ステップワイズ変数選択の際に ある変数だけは残っていてほしい場合の指定方法 ステップワイズ変数選択を EZR で実行する方法 ステップワイズ変数選択を EZR で実行するには、データを読み込んだ後、例えば重回帰のメニューからステップワイズを選択する ...

IPTW ログランク検定をEZRとRを使って行う方法。 IPTWとは？ IPTW とは、Inverse Probability of Treatment Weights の頭文字語。 日本語では、逆確率重みづけと言う。 交絡因子調整方法の一つ。 詳しくは他の記事も参照のこと。 IPTW ログランク検定とは...

EZR で箱ひげ図を書くにはどうしたらよいか？ 色分けするにはどうしたらよいか？ EZR で箱ひげ図を書く方法 データを読み込んだ後、グラフと表から箱ひげ図メニューを選択する。 変数のほうで連続データを指定し、群別する変数の枠で群を表すカテゴリカル...

前後2時点の対応のあるデータを群間比較するときは、共分散分析を使う EZR と SPSS の方法を解説 対応のあるデータの群間比較の考え方 対応のあるデータの群間比較の際に、考え方が２つある。 一つは、後のデータを目的変数に、群別変数を着目する説明変数...

IPTW カプランマイヤー曲線の書き方。 RのパッケージとEZRを使うと書ける。 IPTWとは？ IPTW とは、Inverse Probability of Treatment Weights の頭文字語。 逆確率重み付けの意味。 傾向スコア (Propensity Score) を使った、交絡要因調整の一種。 処方さ...

EZRでグラフが出力されたときに、余白が狭くて軸の文字が見えないことがある。 余白を調整するにはどうしたらよいか？ EZRでグラフの余白調整が必要な例 もっとも典型的なグラフは、分散分析でTukeyのオプションを入れたときに出力されるグラフである。 左...

サブグループ解析の結果をフォレストプロットで書く方法。 ロジスティック回帰の場合で、EZR で行う方法。 Version 1.62（2023 年 11 月 1 日公開）から、EZR 本体に組み込まれたので、以下の方法を使う必要なし 具体的な方法はこちらの動画参照。 フォレ...

主成分分析は、多変量情報の縮約と言われるが、実際にはどんな計算をしているのか？ 数学的に少し詳しくわかりたい人向け。 主成分分析の計算上の目標は合成変数の作成と分散の最大化 主成分分析の数学的な計算の目的は、合成変数の作成と、その合成変数の...

繰り返し計測された連続データを適切に扱うために必要な線形混合モデル。 ランダム切片モデルが一番単純で有名だが、その切片はどんなふうになっているか。 通常の線形モデルの切片はどんな計算になっているか？ 例えば、連続データ CDratio1 を 3 群のFCZ...

Jonckheere-Terpstra 検定（ヨンクヒール タプストラ検定、ヨンキー検定）とは？ Jonckheere-Terpstra検定とは？ ３群以上の群で、単調に増加するか、単調に減少するかなどの傾向を検定するノンパラメトリックな検定法。 Jonckheere-Terpstra 検定は、デー...

EZRの出力をExcelにきれいに貼り付ける方法。 標準の機能を使う方法と、テキストファイルウィザードを使う方法を紹介する。 ベースラインの患者背景の表 「グラフと表」メニュー中の「サンプルの背景データのサマリー表の出力」を使うと、ベースラインの患...

層別ログランク検定を SPSS と EZR で行う方法を解説する 層別ログランク検定の使い分け 生存時間データで交絡を調整したいということなら、コックス比例ハザードモデルを使えばよいのだが、なんらかの理由で層別解析＆統合をしたい場合、どうしたらよいか...

カイ二乗検定に必要なサンプル数計算の解説 カイ２乗検定のサンプルサイズ計算を EZR で行うには？ カイ２乗検定のサンプルサイズと言っても、準備するのは２群の割合だ。 ２ｘ２分割表から２群のそれぞれの割合を計算しておく。 あとは、２群を１：１にす...

EZRの散布図行列において各変数の文字が表示されているスムーズなグラフの解説。 EZR の散布図行列で表示される曲線グラフ 以下の赤矢印で示した曲線グラフのことを言っている。 この曲線は、何を表しているのだろうか？ EZRの散布図行列で表示される曲線...

ロジスティック回帰の結果で出力される、Analysis of Deviance（EZR）、モデル係数のオムニバス検定（SPSS）、モデル全体の検定（JMP）とは何か？ 一言で言えば、モデルの統計学的有意性の検定である。 ロジスティック回帰におけるDevianceとは何か？ Devi...

対応のある２値データを群間比較したいときどうすればよいのか？ 対応のある２値データの群間比較とはどういう状況か？ 対応のある２値データの群間比較とはどういう状況だろうか。 それは介入前後で、Yes/Noとか、あり・なしとか、そういう２値のデータが...

曲線のあてはめの一つ、B スプライン曲線を描く方法。 EZR のメニューを借りて実施する。 B スプライン曲線を描く方法の概要 概要は以下の通り。 EZRの標準メニューからモデルのあてはめでbs()関数を使ってモデルを求める。 モデルを当てはめたXとYを使っ...

ggplot2 というグラフをきれいに描画するパッケージを使って、エラーバー付きの平均値の折れ線グラフを描く方法を紹介する。 反復測定したエンドポイントの平均値と、SDとか95％信頼区間とかを描画する方法。 ggplot でエラーバー付き折れ線グラフを書く土...

IPTW Fine-Gray 回帰を実施する方法 Fine-Gray 回帰とは？ Fine-Gray 回帰とは、競合リスクがある場合の多変量調整回帰モデルの一つ。 詳しくは以下をどうぞ。 IPTW とは？ IPTW とは、逆確率重みづけという意味である。 逆確率重み付けとは、逆確率という...

連続量の前後比較の際に、先行研究のデータ等から、変化量の標準偏差を知りたいと思うことがある。 しかし、たいていは変化量の標準偏差は掲載されていない。 前と後、別々の標準偏差から、変化量の標準偏差が分散の加法性を使って推定できないか？ 変化量...

EZRで ggplot2 を使って95%信頼区間と回帰式付き回帰直線を描く方法。 EZRで回帰直線に95%信頼区間を描きたい場合どうするか？ ggplot2 を使うと簡単・きれいに描ける。 ggplot で回帰直線を書く方法 ggplot2 とは？ ggplot2 とは、簡単にきれいなグラフが...

EZRで回帰直線のグラフに95%信頼区間を付ける方法 回帰直線を書くために EZRで線形回帰（単回帰）を実行する まずEZRで単回帰を実行する。 例えば、以下のような感じに R スクリプト窓に出力される。 #####線形回帰(単回帰、重回帰)##### library(aod, pos...

積極的に同等であることを証明していく同等性の検定。 サンプルサイズ計算はどのようにすればよいか？ 同等性検定はどのようにするのか？ 同等性の検定は、簡単に言えば、非劣性検定の群を入れ替えて、片側検定を2回行うことで実施できる。 劣っていないが...

指数関数的に上昇するデータを共変量調整の回帰分析したい場合どのようにすればよいか？ ガンマ分布の一般化線形モデルを使えばできる。 指数関数的に上昇するデータに対して共分散分析をあてはめようとすると サンプルデータは「データ解析のための統計モ...

複数の研究を統合するメタアナリシス。 固定効果モデルと変量効果モデルが存在する。 統合する際の重みが異なるのが一番の違い。 どんな重み計算をしているのか？ メタアナリシスとは？ システマティックレビューを行った複数の研究の効果量を統合する解析...

逆確率重み付けとは、傾向スコアの逆数を用いて、人数があまり多くない層を厚くする方法で、処方の有無の背景をそろえる方法である。 重回帰で用いる方法。 逆確率重み付けとは？ 逆確率重み付けは、Inverse Probability of Treatment Weighting が英語の...

傾向スコアマッチングのキャリパーはどのくらいが正解か？ ネット上にある情報をまとめてみた。 マッチングのキャリパーとは マッチングのキャリパーとは、マッチする症例同士がどのくらいまで離れているのを許容するかという幅である。 例えば年齢をマッ...

EZR の ROC 曲線グラフのX軸を 1 - 特異度にする方法。 EZRでROC曲線を描く方法 EZRでROC曲線を描く方法はとても簡単だ。 「統計解析」→「検査の正確度の評価」→「定量検査の診断への正確度の評価（ROC曲線）」を選択する。 結果変数（2値）と予測に用いる...

生存時間解析に登場する群間比較検定のログランク検定。 いったいどんな計算をしているのか？ わかりやすく解説。 ログランク検定とは？ ログランク検定とは、以下のようなカプランマイヤー曲線で描かれるような生存時間データを群間比較する検定である。 ...

EZR で線形混合モデルの解析方法 反復測定分散分析との違い 線形混合モデルの解析方法の前に 反復測定分散分析 解析の実践はEZRを使って行っていく。 使うデータは、EZR公式マニュアル付属の FCZ_CSA.rda である。 反復測定データ CDratio1, CDratio2, CDr...

ブートストラップとは、小さいサンプルを復元抽出で何度もサンプリングして、疑似的に何度も試行したことにして、その結果から推定値の直接的な95％の範囲を求めたりする方法。 ブートストラップを使ったロジスティック回帰分析の方法をご紹介。 ブートス...

共分散分析を使えば、2つの回帰直線の傾きや切片が異なるかどうか検討できる。 直接的な傾きの差の検定や切片の差の検定ではないが、同様な結果が簡単に得られるので、共分散分析でよいと思っている。 データの準備 こちらを題材として、EZRで再解析してみ...

ロジスティック回帰の回帰診断の一つにROC曲線を活用する方法がある。 ロジスティック回帰モデルを多変量で行えば多変量ROC曲線となる。 モデルごとに算出されるROC曲線を比較するにはどのようにすればよいか？ ROC曲線とは？ まずROC曲線とは何か？ ROC曲...

オッズ比のサンプルサイズ計算の方法 オッズ比計算のためのサンプルサイズ計算・検出力計算のための準備 EZRにepiR パッケージをインストールする。 Rスクリプト窓にinstall.packages("epiR")と書いて実行をクリック。 ダウンロード元を選ぶ（2024 年 10 ...

EZRの出力は固定長といってスペースできれいに整えられている。 Excelのテキストファイルウィザードを使用すればきれいに貼り付けることができる。 EZRの出力をエクセルにきれいに貼り付ける方法 EZRを機能を使ってきれいに出力する方法は下記のブログ記事...

EZRで2群の比率の差の信頼区間を求めると小数点以下３桁に丸められた数値が出力される。 小数点以下の桁数を増やす方法。 EZRで２群の比率の差の信頼区間を求める 「統計解析」→「名義変数の解析」→「2群の比率の差の信頼区間の計算」メニューを使って、計...

EZRの出力をきれいにエクセルに貼り付ける方法があるか？ エクセルで開けるファイルに出力する方法があるか？ EZRの出力結果をきれいにエクセルに貼り付ける方法 EZRで分割表の出力結果をエクセルに貼り付ける方法を紹介する。 まずEZRで分割表を計算する...

Cox 回帰で必要な、比例ハザード性を確認する方法の解説 比例ハザード性を二重対数プロットで確認する方法 EZRで比例ハザード性を確認する方法の一つ目として、グラフで確認する方法がある。 二重対数プロット（ Complementary log-log plot ）というもの...

EZRでカプランマイヤー曲線を書いた後に、横軸を調整する方法 EZRでカプランマイヤー曲線を描いているスクリプト部分を特定する EZRで生存期間解析、ログランク検定からカプランマイヤー曲線を描く。 EZRでカプランマイヤー曲線を描く方法は、以下の動画を...

EZRでグラフを描いたあと、一部文字を消したり、文字を加えたり、図形を加えたり、ちょっとした修正を行う方法 EZR のグラフを編集する方法 ― Mac の場合 Mac版のEZRでグラフを描いた場合、その後に修正するときは、どうしたらよいのか？ グラフはPDFの形...

EZRで散布図を書く方法を解説。 色分けや点の形を変えて、グループ別に描画する方法を解説する。 EZRで散布図を色分けしてグループ別に書く方法 EZRを起動して、データを読み込んだら、「グラフと表」から「散布図」を選択する。 ｘ軸の変数とｙ軸の変数を...