R で IPTW Cox 回帰を行う方法

IPTW 逆確率重み付け Cox 回帰を R で行う方法

IPTW Cox 回帰の前提

IPTW に関しては、こちらの記事を参照

IPTW はすでに作成済みというところから始める

IPTW は、EZR で作成するのが簡単なので、EZR を使うことをお勧めする

以下の記事が参考になる

IPTW Cox 回帰を実行する

IPTW は、weight.ATE.GLM.1 という変数名で作成されているとする

coxphw パッケージをインストールする

install.packages('coxphw')

coxphw パッケージを呼び出して、coxphw 関数を用いて IPTW Cox 回帰を計算する

caseweights に IPTW を指定する

library(coxphw)
CoxphwModel.1 <- coxphw(Surv(Days, Survival)~Anthracyclines,
caseweights=ElderlyAML$weight.ATE.GLM.1,
data=ElderlyAML)
summary(CoxphwModel.1)

結果は以下のとおりに計算される

Anthracyclines とある行が、IPTW で調整された、Anthracyclines のハザード比の計算結果である

exp(coef) とある 0.3571898 がハザード比である

95％ 信頼区間も計算されている

lower 0.95, upper 0.95 と書いてある数値である

p は、0.05 未満で、統計学的有意である

まとめ

IPTW で重み付けをして、交絡因子調整を行った Cox 回帰を実行する方法を紹介した

IPTW は作成されているとして、R の coxphw パッケージを使用すると簡単に計算できる

参考になれば