IPTW 逆確率重み付け Cox 回帰を R で行う方法
目次
IPTW Cox 回帰の前提
IPTW に関しては、こちらの記事を参照
あわせて読みたい
逆確率重み付け IPTW の説明と EZR で逆確率重み付け回帰を行う方法
逆確率重み付けとは、傾向スコアの逆数を用いて、人数があまり多くない層を厚くする方法で、処方の有無の背景をそろえる方法である。 重回帰で用いる方法。 逆確率重み…
IPTW はすでに作成済みというところから始める
IPTW は、EZR で作成するのが簡単なので、EZR を使うことをお勧めする
以下の記事が参考になる
あわせて読みたい
R と EZR で IPTW カプランマイヤー曲線を書く方法
IPTW カプランマイヤー曲線の書き方。 RのパッケージとEZRを使うと書ける。 IPTWとは？ IPTW とは、Inverse Probability of Treatment Weights の頭文字語。 逆確率重み…
あわせて読みたい
EZR と R で IPTW ログランク検定を実行する方法
IPTW ログランク検定をEZRとRを使って行う方法。 IPTWとは？ IPTW とは、Inverse Probability of Treatment Weights の頭文字語。 日本語では、逆確率重みづけと言う。 …
IPTW Cox 回帰を実行する
IPTW は、weight.ATE.GLM.1 という変数名で作成されているとする
coxphw パッケージをインストールする
install.packages('coxphw')
coxphw パッケージを呼び出して、coxphw 関数を用いて IPTW Cox 回帰を計算する
caseweights に IPTW を指定する
library(coxphw) CoxphwModel.1 <- coxphw(Surv(Days, Survival)~Anthracyclines, caseweights=ElderlyAML$weight.ATE.GLM.1, data=ElderlyAML) summary(CoxphwModel.1)
結果は以下のとおりに計算される
Anthracyclines とある行が、IPTW で調整された、Anthracyclines のハザード比の計算結果である
exp(coef) とある 0.3571898 がハザード比である
95％ 信頼区間も計算されている
lower 0.95, upper 0.95 と書いてある数値である
p は、0.05 未満で、統計学的有意である
まとめ
IPTW で重み付けをして、交絡因子調整を行った Cox 回帰を実行する方法を紹介した
IPTW は作成されているとして、R の coxphw パッケージを使用すると簡単に計算できる
参考になれば
コメント
コメント一覧 （1件）
[…] R で IPTW Cox 回帰を行う方法 IPTW 逆確率重み付け Cox 回帰を R で行う方法 […]