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ログランク検定とは、生存時間解析で、二群以上のグループがある場合に、グループ間で統計学的に差があるかを検討する方法。 R での方法を解説。 R でログランク検定をする場合の関数は？ R でログランク検定をする場合、survival パッケージのsurvdiff()...

Rでカプランマイヤー曲線を書く方法の紹介。 survfit を使ったグループごとの曲線の書き方。 Rでカプランマイヤー曲線を書くためのサンプルデータ カプランマイヤー曲線を書くためのサンプルデータは、survival パッケージの lung を使う。 これは、North ...

R で階層的クラスタリングを行う方法。 階層的クラスタリングとは さまざまな特徴を持った集団、たとえば米国50州を、特徴が似ている似ていないで近い・遠いを表現して部分集団（クラスター）に分けることを言う。 以下も参照のこと。 階層的クラスタリン...

二次元でユークリッド距離を図示してみた。 二次元のユークリッド距離を示すサンプルデータ 二次元でユークリッド距離を例示してみるためのサンプルデータは、R に組み込まれているUSArrestsというデータを使う。 USArrestsの1列目 Murderと2列目 Assault...

ユークリッドは紀元前325年に生まれたギリシャの数学者。 著した著書は数学のなかでも特に幾何学の教科書として有名であった。 ユークリッドが考え出した「距離」とは？ ユークリッド距離とは？ ユークリッド距離は、幾何学で扱う事項である。 幾何学とは...

フライス（Fleiss）のカッパ係数（kappa）は、3人以上の評価者の評価が一致している度合いを測定する係数。 カッパ係数には 2 人の場合と 3 人以上の場合の 2 種類がある Cohen's kappa が二人の評価者の一致度を判断するのに対して、Fleiss' kappa は三人...

二人の評価者のカテゴリ評価の一致度を見るのがいわゆるカッパ係数だ。 カッパはギリシャ文字のkのカッパ（κ）のこと。 Jacob Cohen先生が発明したので、Cohen's Kappaと呼ばれる。 これを R で計算してみようと思う。 irr パッケージを使う方法 簡単な方...

ブランド アルトマン 分析は、二つの測定系の結果が一致しているかどうかを確認する方法。 ブランド アルトマン プロットに、回帰直線を合わせると不一致に傾向がないかどうか確認できる。 ブランドアルトマン分析の準備 ブランドアルトマンプロットは、2...

点推定値が100%に近いとき、より適切に割合の信頼区間を計算する方法 Wilson's score method（ウィルソンのスコア法）の解説。 割合の信頼区間は近似を使っている 割合の信頼区間は以下の式で計算できる。 これは正規分布を近似的に使っている。 $$ \hat{p...

グラフを描いた後、一部を塗りつぶしたいときがある。 そんなときにどうしたらいいか？ 標準正規分布の場合 確率分布の一部を塗りつぶしたい場合、以下のようにすれば可能。 # 前半 curve(dnorm(x), -4, 4, las=1, xlab="Z") arrows(0,0,0,dnorm(0),length...