EZR で書いたカプランマイヤー曲線グラフの横軸を変更する方法

EZRでカプランマイヤー曲線を書いた後に、横軸を調整する方法

EZRでカプランマイヤー曲線を描いているスクリプト部分を特定する

EZRで生存期間解析、ログランク検定からカプランマイヤー曲線を描く。

EZRでカプランマイヤー曲線を描く方法は、以下の動画を参照。

Rスクリプト窓に自動的に出力される以下の部分を見つける。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE,
xlab="Months", ylab="Probability")
xticks <- axTicks(1)
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,],
line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("topright", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0,
title="Anthracyclines")

このスクリプト部分がカプランマイヤー曲線を描いている部分。

上記スクリプトで描かれるカプランマイヤー曲線はこのように横軸は10か月ごとになる。

EZRで描いたカプランマイヤー曲線の横軸を変更するには？

EZRで描いたカプランマイヤー曲線の横軸を変更するには、スクリプト中の先頭の二つ plot() と xticks を修正する。

例えば、このデータは最長72か月程度なので、72か月を24区分して、3か月ごとの区切りを作る。

まず、plot()の中に、xaxp=c(0,72,24)と書き入れる。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE,
xlab="Months", ylab="Probability", xaxp=c(0,72,24))

これは、X軸の目盛りを0から72の間を24等分する指示になる。

また、xticks <- c(0:24)*3 として、xticksを変更する。

xticks <- c(0:24)*3
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)

これは、0から72まで、公差3の等差数列を作ってそれをNumber at riskの区切りにするという指示。

それ以外の部分は、自動で生成されたもののままにする。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE,
xlab="Months", ylab="Probability", xaxp=c(0,72,24))
xticks <- c(0:24)*3
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,],
line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("topright", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0,
title="Anthracyclines")

上記スクリプトで描かれるカプランマイヤー曲線は以下のようになる。表示された後、少しだけ左右の幅を広げている。

横軸を3か月ごとの目盛に変更したカプランマイヤー曲線

この方法を応用すれば、希望の目盛りに変更することができるはずだ。

まとめ

EZRでカプランマイヤー曲線を描いた後、横軸の目盛りを変更したい場合がある。

そのときに xaxp=c() の追加と xticks の変更で、調整が実現できる。

EZR公式マニュアル