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R のパッケージを source からインストールする方法

R はパッケージを追加すると新しい機能が追加できる。

その方法もとても簡単だ。

R のパッケージの追加方法として source からインストールする方法があるので、その解説。

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目次

R のパッケージを source からインストールする方法

R のパッケージは、Windows用にはWindows用の形式(binaryと言う)にしてサーバーに保存されている。

install.packages(“hogehoge”)をコンソールに書きエンターをたたくと、サーバーにアクセスしてダウンロードして、自動的に hogehoge パッケージがインストールされる。

R のパッケージはもともとは tar.gz という形式でまとめられているsourceという状態になっている。

この source からインストールするためには、以下のようなスクリプトを実行する。

install.packages("C:/packages/TCC.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib="C:/packages")

これはたとえばTCCというパッケージをsourceからインストールしたい場合で、まず適切なところにダウンロードする。

もしくは自動的にダウンロードされたファイルを見つけて、取り扱いしやすい場所にコピー&ペーストする。

ここではCドライブの直下にpackagesというフォルダを作ってそこにペーストしたとする。

reposは通常のインストールのときにパッケージを見つけに行く場所のこと。

ここではすでにダウンロードしてあるので、NULLとして探しに行かないようにする。

typeはsourceであることを明記する。

libはどこにインストールするかで、libraryのパスを指定できる。

指定しない場合、すでにlibraryと認識されている場所にインストールされる設定になっている。

パッケージをインストールする際のダウンロードフォルダ

ちなみに、パッケージをインストールしようとしたときに自動的にsourceがダウンロードされた場合、以下のフォルダにダウンロードされる。

AppDataはユーザー名フォルダ内の隠しフォルダなので、フォルダの表示タブから隠しファイルのチェックボックスを見つけて、チェックを入れる。

そうすると見えるようになる。

XXXXX はご自分の Windows ID の一部だ。

??????の部分は毎回変わる。

C:\Users\XXXXX\AppData\Local\Temp\Rtmp??????\downloaded_packages

tar.gzファイルの場所やlibを上記パスで指定することもできる。

その際は \(バックスラッシュ もしくは円マークに見えているかもしれない)は / (スラッシュ)に変える必要がある。

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まとめ

R のパッケージをsourceからインストールする方法を解説した。

参考になれば。

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この記事を書いた人

医師、医学博士(専門は疫学および統計学)。10年以上の研究歴を有し、筆頭著者として10本の英文原著論文を執筆した実績を持つ。現在、外資系製薬企業にて15年以上にわたり、臨床開発やデータ解析、承認審査、薬価交渉戦略といった実務の最前線に従事。

「統計に悩むあなたを救いたい」をコンセプトに、ブログ「統計ER」やYouTube、SNSを通じて、医療従事者や研究者向けに「実務直結の統計ノウハウ」を配信。

学術的な厳密さと、製薬業界での高度な実務経験を融合させた独自の視点から、ブラックボックス化しない統計解析の普及を目指す。オンラインショップ「TKER SHOP」での計算ツール提供や、クラウドワークス等を通じた統計コンサルティング・解析代行(主にRを使用)も幅広く展開中。

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