GraphPad Prism を使って反復測定データの有意差グラフを書く方法

GraphPad Prism は、簡単きれいにデータをグラフ化できるソフトウェアです！

従来の表計算ソフトや統計ソフトでは、書き入れにくかった、有意差マークが簡単に書き入れられます！

この記事では、GraphPad Prism を使って、反復測定データをグラフ化して、検定結果の星「＊」を書き入れる方法を解説します！

GraphPad Prism とは？

GraphPad Prism とは、データのグラフ化・可視化を軸にした、データ分析ツールです。

どんなグラフで最終的に見せていくかによって、データの準備が異なってきます。

データの準備ができれば、あとは直感的に操作していけます！

反復測定データとは

反復測定データとは、一定期間をあけて、同じ人が何回も測定しているデータのことです。

外来受診するたびに測定する血圧や血糖値など、繰り返して測定されるデータのことを指しています。

基本的な使い方や特徴はこちらをご覧くださいませ！

＞＞GraphPad Prismはどんな解析ソフト？基本的な使い方

GraphPad Prismで反復測定データを解析するための準備

反復測定データを以下のような一人一行のデータの形に準備します。

ここで、distance.8, 10, 12, 14 は 2 年ごとの測定値を表しています。

このように反復した測定値を各列に配置したデータ一覧にします。

エクセルや類似のソフトウェアで作成するのがよいでしょう。

反復測定データをGraphPad Prism へ取り込む

次に、GraphPad Prism を立ち上げて、データを読み込んでいきます。

反復測定データで、グループがない場合、「カラムプロット」というプロットのためのデータとして読み込みます。

（実際には、Sex のグループがありますが、ここではグループがないものとして、進めます）

GraphPad Prism を起動すると以下の「ようこそ」メニューが出てきますので、「カラムプロット」を選択します。

「対応のある値～」を選択して、右下の「作成」をクリックします。

あとは、エクセルからコピペしていきます。

まず、ID のデータだけコピーします（変数名はコピーせず）

カラムの一番目を選択して、クリップボードアイコンから「データの貼り付け」を選択して、貼り付けます。

データも同様にコピーして、貼り付けます。

できあがると、以下のようになります。

グループのタイトル（のちのち X 軸の値ラベルになる）は、別途手入力します。

これで、データの準備は完了です！

反復測定データのグラフ化

グラフの作成は、左のカラムの「グラフ」内の「データ1」をクリックすることで、作業開始できます。

「データ 1」をクリックすると以下の画面が出ます。

ここで、「平均値 / 中央値と誤差のプロット」タブをクリックします。

左から 3 つ目の平均値の折れ線グラフを選択します。

SD 付き平均値でよければ、そのままで、95 ％ 信頼区間にしたい場合は、プロット：のプルダウンメニューを選択して、95 ％ 信頼区間を選択します。

最後に OK で確定します。

すると、以下のグラフが描かれます。

グラフタイトル、X 軸タイトル、Y 軸タイトルは、クリックすると入力して変更することができます。

修正・削除などした結果がこちら。

反復測定データの分析

このグラフに、検定の結果の星「＊」を書き入れることができます。

手書きで書き入れて調整する入力の仕方ではなく、ソフト内で分析後、自動できれいに書き入れてくれます。

まず、分析メニューの分析ボタンをクリックします。

カラム分析の 1-way ANOVA を選択して、OK をクリックします。

実験意図タブは、デフォルトのままで OK です。

繰り返し測定タブもそのままで OK

多重比較タブは、必要に応じて設定します。

「各列の平均をその他の列の平均で比較する」というのは、総当たりで多重比較するという意味です。

オプションタブでは、検定の種類を必要に応じて変更します。

一番有名なのは Bonferroni ですね。

残差タブは、特に何も設定しなくて OK です。

設定の確認・修正が終わったら、OK をクリックして、分析します。

そうすると、分析結果が出力されます。

ANOVA の結果よりも、多重比較の結果が興味深いのではないでしょうか。

多重比較タブをクリックすると以下の結果が表示されます。

多重比較の検定結果が数値と「＊」で表現されています。

検定結果のグラフ内への反映

では、グラフに戻って、「＊」を書き入れましょう。

グラフの「データ 1」をクリックすると先ほどのグラフに戻ります。

図形メニューの「＊」が書いてあるボタンをクリックします。

すると、先ほどの多重比較の結果が、グラフに反映されます。

グラフの大きさを調整するには、グラフ内を右クリックしてグラフの大きさを変更を選択します。

GraphPad Prismで作成した反復測定データに対するグラフの利用方法

グラフは、コピーして、パワーポイントやワードに貼り付けることが可能です。

送信メニューにボタンがあって、ワンクリックで、パワポやワードに貼り付けることができます。

下の図は、左上がパワポに貼り付けたところ、右がワードに貼り付けたところ、また、左下は、メールで送信するために、自動で PDF になったファイルが添付されたところをそれぞれ示しています。

このように、作成したグラフをプレゼンや論文用に簡単に活用できます。

まとめ

GraphPad Prism を使って、反復測定データをグラフ化して、検定結果を書き入れて、パワポやワードで活用する方法を解説しました。

データの準備がうまくいけば、あとはクリックしていくだけで、簡単・きれいに、プロ仕様のグラフが作成できます。

ぜひ、試してみてください！

参考サイト・トライアルサイト

医学統計解析ソフト GraphPad Prism 9