イベントが起きるまでの時間とイベントの間の関係を調べる、生存時間解析。
生存時間解析を可視化する方法に、カプランマイヤー曲線があります。
また、生存時間解析での検定手法の一つが、ログランク解析です。
この記事では、統計解析ソフトJMPを用いた、カプランマイヤー曲線の作成方法と、ログランク検定の実施方法について、説明していきます。
別の統計解析ソフトEZRでの解析については
>>>EZRでカプランマイヤー曲線！ログランク検定や生存時間解析を実施
こちらの記事に記述しています。
Contents
JMPで生存時間解析をするために必要となるデータ
JMPでも、EZRと同じで次の3種類のデータが必要です。
- 生存時間のデータ
- イベントか打ち切りかのデータ
- 群のデータ
JMPのサンプルデータから解析する
ここでは、JMP公式サイトを参考にしています。
JMPにはサンプルデータが最初からパッケージに含まれています。
[ヘルプ] > [サンプルデータライブラリー] をクリックします。
すると次のディレクトリが開きます。
この中から、「Rats.jmp」を開きす。
このデータは
2群に分けたラットを発ガン性物質にさらし、生存時間の差を調べる試験結果
と公式サイトには説明があります。
ダブルクリックすると、JMPでこのファイルを開きます。
ファイルの中身は次のようになっています。
1列目の「生存日数」が生存時間のデータ、
２列目の「打ち切りの有無」がイベントか打ち切りかどうかのデータ
3列目の「グループ」が群のデータに対応します。
EZRでは「打ち切りの有無」に関するデータは
- イベントは1であらわす
- 打ち切りは0であらわす
必要がありました。
しかし、このJMPのサンプルデータでは、イベントはFailedで、打ち切りはCensoredであらわされています。
JMPではイベントは1で、打ち切りは0であらわすこともできます。
次に解析を行っていきます。
[分析] > [信頼性/生存時間分析] > [生存時間分析]をクリックします。
これをクリックすると、次のウィンドウが出現します。
先ほど開いたJMPファイルから、それぞれに役割を割り当てていきます。
[Y, イベントまでの時間]に「生存日数」を指定します。
[グループ変数]に「グループ」を指定します。
[打ち切り]に「打ち切りの有無」を指定します。
列の指定の仕方ですが、
JMPの表の列名をクリックすると下の
ウィンドウが出現します。
下のウィンドウの列名をコピーして、先ほどのウィンドウの各項目のところに、該当する列名を貼り付けして行ってください。
全て埋めると次のようになります。
最後に[OK]をクリックします。
すると、
カプランマイヤー曲線と、ログランク解析などの結果が出力されます。
CSVデータから解析する
今回も統計解析ソフトEZRと同様に、自治医科大学さんが提供していくださっているサンプルデータの中から
“Survival.csv”を使用して解説します。
各列の説明に関しては
>>>EZRでカプランマイヤー曲線！ログランク検定や生存時間解析を実施
こちらの記事を参照してください。
ファイルを読み込む
先ほどダウンロードしたファイルを読み込んでいきます。
[ファイル] > [開く]をクリックします。
すると、ファイルを選択するウィンドウが出現します。
先ほどの”Survival.csv”を選択します。
そうすると、サンプルデータと同じ、表のウィンドウが出現します。
この表で、
ファイルの中身はで、解析に必要な列のデータは
次のようになっています。
6列目の「DaysYoOS」が生存時間のデータ
5列目の「OS」がイベントか打ち切りかどうかを表すデータ
4列目の「Treatment」が群のデータ
にそれぞれ対応します。
生存時間解析を行う
次に解析を行っていきます。
[分析] > [信頼性/生存時間分析] > [生存時間分析]をクリックします。
これをクリックすると、次のウィンドウが出現します。
先ほど開いたファイルから、それぞれに役割を割り当てていきます。
[Y, イベントまでの時間]に「DaysYoOS」を指定します。
[グループ変数]に「Treatment」を指定します。
[打ち切り]に「OS」を指定します。
次第が終わったら、[OK]をクリックしてください。
すると、以下のウィンドウが出力されます。
これで完了です。
JMPではログランク分析以外に、
一般化Wilcoxon検定の結果も出力されています。
有料ソフトなだけあって、非常に動作も安定していて使いやすいです。
JMPのカプランマイヤー曲線に”ひげ”がない！？
JMPのカプランマイヤー曲線を見ると、”あるものが”表示されていないことがわかります。
それが”ひげ”ですね。
カプランマイヤー曲線の”ひげ”とは、”打ち切り”を示すデータのことです。
実は、現在のVer.のJMPには打ち切りを示すひげが表示されないんです。
今後のバージョンアップで、ひげが示されることに期待します！
まとめ
JMPで生存時間解析をするには次の手順で行います。
- [ファイル] > [開く]をクリックし、解析したいファイルを選択する
- [分析] > [信頼性/生存時間分析] > [生存時間分析]をクリックする
- 生存時間のデータ、イベントか打ち切りかのデータ、群のデータを割り当てる
- [OK]をクリックする
- パソコンに向かってもなぜか筆が進まない…
- 学会発表は結構たくさんしているのに、なぜ論文が出ないのだろう…
- こんなに忙しいのに、いつ論文を書いたらいいのか…
- 一度は書いたはずの論文がお蔵入りに…どうすればいいの…
- データはあるのになぜ論文化まで持っていけないんだろう…
- このデータ、どうやって解析すればいいんだろう…
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