JMPの使い方

JMPで生存時間解析の例をわかりやすく解説!ひげが表示されないけどどうして?

イベントが起きるまでの時間とイベントの間の関係を調べる、生存時間解析。

生存時間解析を可視化する方法に、カプランマイヤー曲線があります。

また、生存時間解析での検定手法の一つが、ログランク解析です。

この記事では、統計解析ソフトJMPを用いた、カプランマイヤー曲線の作成方法と、ログランク検定の実施方法について、説明していきます。

 

別の統計解析ソフトEZRでの解析については

>>>EZRでカプランマイヤー曲線!ログランク検定や生存時間解析を実施

こちらの記事に記述しています。

 

JMPで生存時間解析をするために必要となるデータ

JMPでも、EZRと同じで次の3種類のデータが必要です。

  1. 生存時間のデータ
  2. イベントか打ち切りかのデータ
  3. 群のデータ

 

JMPのサンプルデータから解析する

ここでは、JMP公式サイトを参考にしています。

JMPにはサンプルデータが最初からパッケージに含まれています。

[ヘルプ] > [サンプルデータライブラリー] をクリックします。

すると次のディレクトリが開きます。

この中から、「Rats.jmp」を開きす。

このデータは

2群に分けたラットを発ガン性物質にさらし、生存時間の差を調べる試験結果

と公式サイトには説明があります。

ダブルクリックすると、JMPでこのファイルを開きます。

ファイルの中身は次のようになっています。

1列目の「生存日数」が生存時間のデータ、

2列目の「打ち切りの有無」がイベントか打ち切りかどうかのデータ

3列目の「グループ」が群のデータに対応します。

EZRでは「打ち切りの有無」に関するデータは

  • イベントは1であらわす
  • 打ち切りは0であらわす

必要がありました。

しかし、このJMPのサンプルデータでは、イベントはFailedで、打ち切りはCensoredであらわされています

JMPではイベントは1で、打ち切りは0であらわすこともできます。

 

次に解析を行っていきます。

[分析] > [信頼性/生存時間分析] > [生存時間分析]をクリックします。

これをクリックすると、次のウィンドウが出現します。

先ほど開いたJMPファイルから、それぞれに役割を割り当てていきます。

[Y, イベントまでの時間]に「生存日数」を指定します。

[グループ変数]に「グループ」を指定します。

[打ち切り]に「打ち切りの有無」を指定します。

列の指定の仕方ですが、

JMPの表の列名をクリックすると下の

ウィンドウが出現します。

下のウィンドウの列名をコピーして、先ほどのウィンドウの各項目のところに、該当する列名を貼り付けして行ってください。

全て埋めると次のようになります。

最後に[OK]をクリックします。

すると、

カプランマイヤー曲線と、ログランク解析などの結果が出力されます。

 

CSVデータから解析する

今回も統計解析ソフトEZRと同様に、自治医科大学さんが提供していくださっているサンプルデータの中から

“Survival.csv”を使用して解説します。

こちらからダウンロードできます

各列の説明に関しては

>>>EZRでカプランマイヤー曲線!ログランク検定や生存時間解析を実施

こちらの記事を参照してください。

 

ファイルを読み込む

先ほどダウンロードしたファイルを読み込んでいきます。

[ファイル] > [開く]をクリックします。

すると、ファイルを選択するウィンドウが出現します。

先ほどの”Survival.csv”を選択します。

そうすると、サンプルデータと同じ、表のウィンドウが出現します。

この表で、

ファイルの中身はで、解析に必要な列のデータは

次のようになっています。

6列目の「DaysYoOS」が生存時間のデータ

5列目の「OS」がイベントか打ち切りかどうかを表すデータ

4列目の「Treatment」が群のデータ

にそれぞれ対応します。

 

生存時間解析を行う

次に解析を行っていきます。

[分析] > [信頼性/生存時間分析] > [生存時間分析]をクリックします。

これをクリックすると、次のウィンドウが出現します。

先ほど開いたファイルから、それぞれに役割を割り当てていきます。

[Y, イベントまでの時間]に「DaysYoOS」を指定します。

[グループ変数]に「Treatment」を指定します。

[打ち切り]に「OS」を指定します。

次第が終わったら、[OK]をクリックしてください。

すると、以下のウィンドウが出力されます。

これで完了です。

JMPではログランク分析以外に、

一般化Wilcoxon検定の結果も出力されています。

>>一般化Wilcoxon検定とは?

有料ソフトなだけあって、非常に動作も安定していて使いやすいです。

 

JMPのカプランマイヤー曲線に”ひげ”がない!?

JMPのカプランマイヤー曲線を見ると、”あるものが”表示されていないことがわかります。

それが”ひげ”ですね。

カプランマイヤー曲線の”ひげ”とは、”打ち切り”を示すデータのことです。

>>生存時間解析の打ち切りデータとは?

 

実は、現在のVer.のJMPには打ち切りを示すひげが表示されないんです。

今後のバージョンアップで、ひげが示されることに期待します!

 

まとめ

JMPで生存時間解析をするには次の手順で行います。

  • [ファイル] > [開く]をクリックし、解析したいファイルを選択する
  • [分析] > [信頼性/生存時間分析] > [生存時間分析]をクリックする
  • 生存時間のデータ、イベントか打ち切りかのデータ、群のデータを割り当てる
  • [OK]をクリックする

 

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  • パソコンに向かってもなぜか筆が進まない…
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